id: 1EDI_A

Просмотр в 3D

Просмотр и сравнение 3D структур

RMSD по остатку (все атомы)

График отображает отклонения атомов между структурами.

RMSD (все атомы)

Величины RMSD между версиями структуры. Учитывается общее смещение всех атомов в структуре

ΔSASA (без минимизации)

График показывает разницу площади, доступной на растворитель между версиями структуры (интактной и модифицированной) до минимизации энергии

ΔSASA (после минимизации)

График показывает разницу площади, доступной на растворитель между версиями структуры (интактной и модифицированной) после минимизации энергии

Общая SASA

Сравнение суммарной площади, доступной на растворитель, для всех версий структуры

Радиус вращения, общий

Сравнение радиуса вращения (радиуса гирации) вариантов структуры

Скачать результаты (.ZIP)

Загрузка струкутур, графиков и исходных данных (в формате xlsx) одним архивом

В очереди

Задача в очереди на обработку

Status: PENDING

apply_modification

Status: PENDING

minimize_intact

Energy minimization of intact structure performed by GROMACS

Status: PENDING

minimize_modified

Modified structure energy minimization performed with GROMACS

Status: PENDING

Общее описание отчета

Представленный выше отчет включакет в себя графики с изменением геометрических показателей белковой цепи в результате аминокислотной замены. Результаты включают в себя информацию о четырех структурах:

R: reference. Интактная структура до замены
RR: reference relaxed. Структура без аминоксилотной замены с минимизацией энергии
M: Modified. Структура с АК заменой до минимизации энергии
MR: modified relaxed. Струкутра с АК заменой после минимизации энергии